湖南省微生物研究院创立于1956年3月，当时名称为湖南细菌肥料厂；1964年1月更名为湖南微生物实验工场；1966年4月更名为长沙市微生物研究所；1973年7月更名为湖南省微生物研究所，划归省管；2013年5月更名为湖南省微生物研究院。

组织结构及职责职能

湖南省微生物研究院组织结构逐步调整与完善，形成了管理部门、研究体系和支撑体系三大块。其中管理部门7个，研究室5个，支撑体系设4个中心。现有在职职工180人，离退休人员200人。专业技术人员125人，其中博士11人，硕士47人，高级以上技术职称53人。

承担农业微生物学基础科学研究和应用研究；承担微生物菌种资源的采集、引进、保藏、共享、菌种鉴定及功能评价；为湖南农业生物产业发展提供建议与咨询；为湖南种植业、养殖业等行政业务提供技术支撑；承担农业微生物技术普及、示范推广与农户培训等公益服务；承担农业微生物科技成果转化、孵化、引进；开展农业检测分析、农产品质量安全风险评估。

研究方向

以科技发展助推乡村振兴为目标，确立了“拓宽研究领域，攻关重点课题”的科研布局，在土壤肥料与植物保护、动物营养与疫病防控、农业环境保护与资源利用、中试发酵工艺等领域以微生物特色为突破口,集中科研优势，开展农业关键、共性技术研究。