烟草复合微生物肥料包含活性功能菌组分、有机肥组分、无机复合肥组分，所述活性功能菌组分含有溶磷菌-巨大芽孢杆菌菌粉、解钾菌-胶冻样芽孢杆菌菌粉、烟草根际促生抗病菌-解淀粉芽孢杆菌菌粉、烟草内生拮抗细菌-侧孢短芽孢杆菌菌粉；所述有机肥组分含有腐熟的粪肥、菜籽饼肥、秸秆。本发明还包括所述烟草复合微生物肥料制备方法。本发明肥料兼有有机肥、无机肥、微生物肥的优点，能提高肥料利用率，增加土壤有机质，促进烟株根际微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，为烟苗前期生长提供全面、均衡的营养，并能降低土传病害发生程度，使烤烟的产量和品质得到显著提升。